Aan de basis van dit gebouw ligt een klooster van de Cisterciënzers met als naam 'Spermalie' (ook gekend als 'Nieuw Jeruzalem').

Origineel was de abdij in Sint-Pieterskapelle gesticht rond 1200. Reeds in 1241-1244 werd ze naar het domein Spermalie in Sijsele verhuisd. Tijdens de godsdienstproblemen in 1578 vluchtte de gemeenschap binnen de veilige muren van Brugge. Pas rond 1600 vonden de nonnen hier hun definitief onderkomen, toen ze het refugium van de Duinenabdij kochten.

Tussen 1614 en 1642 werden een abdijkerk, een kapittelzaal en een kloostergang gebouwd. Men maakte gebruik van bouwmaterialen die uit de vervallen abdij in Sijsele werden gehaald.

De kerk is driebeukig, en eindigt op een driezijdige apsis. Het is een eenvoudige, laatgotische constructie met spitsboogvensters en overspannen met kruisribgewelven. Er zijn geen luchtbogen of uitspringende steunberen, maar er werden bijzonder grote muurankers gebruikt.

De segmentbogige hoofdingang met een omlijsting in blauwe steen dateert uit 1770. Ze is voorzien van een met rocailles versierde cartouche en een frontonbekroning.

In 1796, na de Franse revolutie, ging de abdij ten onder. Er werd een instituut voor doven- en blindenonderwijs gevestigd.